Congruente con su idea y visión de traducir la Biblia, o porciones, a los idiomas indígenas de México, Diego Thomson proyecta viajar a Yucatán. Esta península, conformada por los estados actuales de Yucatán, Campeche y Quintana Roo, estaba convulsa desde poco antes de que Thomson iniciara su segunda visita al país.
En 1841 la llamada República de Yucatán se independizó de México, a causa del centralismo prevaleciente en la nación mexicana. En el mismo año fue promulgada la Constitución yucateca, el 16 de mayo. El documento consideraba proteger las garantías individuales y la libertad religiosa, en contraposición con lo decretado por la Constitución mexicana de 1824. Esta había declarado al catolicismo romano como la religión oficial del país y no permitía la expresión de ningún otro credo.
Los intentos separatistas yucatecos se consolidan en agosto de 1841, y el 14 de tal mes zarpa desde Veracruz un barco en el que viajaba un contingente militar cuya meta era combatir a los rebeldes. El presidente entonces era Anastasio Bustamante, quien en marzo había sido declarado Benemérito de la Patria.
A causa de la sublevación organizada en su contra, el presidente Bustamante renuncia el 5 de octubre al puesto. Lo sustituye uno de los sublevados, Antonio López de Santa Anna, quien es designado presidente del país (9 de octubre) por una Junta de Representantes. Una de las obsesiones de Santa Anna fue reintegrar al país a Yucatán.
En diciembre de 1842, Thomson escribe una extensa carta a la Sociedad Bíblica Británica y Extranjera (SBBE). En ella informa de las vicisitudes que enfrenta al tratar de posicionar al Nuevo Testamento como libro de lectura en el sistema escolar público. Los altibajos de la vida política nacional, los enfrentamientos entre facciones e intereses, hacían imposible poder llegar a un acuerdo con autoridades más empeñadas en combatir a sus adversarios, que en darle algo de estabilidad a las instituciones públicas. Vislumbra, a pesar de todo, que podría tener mejores resultados y que para ello era necesario “tener mucha o poca paciencia, considerando las cosas y el país en cuestión. La oración apresurará nuestros movimientos, y espero prosperar y tener éxito en ellos”.
En la carta de vísperas de Navidad de 1842, Diego Thomson comenta entusiasmado que ha estado conversando con quien fuera gobernador de Yucatán (Pedro Marcial Guerra Rodríguez) antes del movimiento separatista. Él informa al enviado de la SBBE que la lengua predominante es el maya, y que sumando la población de Yucatán con la de Campeche y partes de Tabasco, el número de hablantes de maya ascendía a un millón de personas.
El número de hablantes de maya, considera Thomson, es una oportunidad que debe explorarse. Comenta que el ex gobernador le ha extendido una recomendación a Thomson ante el obispo, quien era su hermano (José María Guerra). No sabía Thomson si podría viajar hacia Yucatán en próximos meses, porque antes quería asegurase de que la carta de recomendación había sido recibida por el obispo, quien a su vez le haría conocer si era bienvenido. Entonces era sumamente difícil intercambiar cartas de y hacia la entidad, debido a “la cerrada guerra que se emprende ahora desde aquí contra Yucatán”, comentaba Thomson.
La opinión de Thomson era favorable al movimiento independentista de Yucatán, el cual consideraba contaba con apoyo popular: “los sentimientos e intereses de los indios [mayas] están personal y profundamente envueltos en la cuestión, y ellos se han incorporado a la lucha por su propio bien y conveniencia, y no en obediencia a unos pocos gobernantes militares. Fue un ejército de indios el que primero quebró el poder español en México”.
En la correspondencia a la SBBE, tanto en la de su primera estancia en México (1827-1830) como en la segunda (1842-1844), Thomson no desarrolla ampliamente sus opiniones políticas sobre lo que sucedía en México. Lo que sí existe son alusiones y comentarios breves sobre las condiciones políticas opresivas. Thomson aludía a la necesidad de que el país se democratizara, y opinó favorablemente por las causas libertarias. En 1829, ante el esfuerzo español por reconquistar México, él se congratuló porque falló esa intentona. En el caso de Yucatán consideraba que el movimiento independentista abría puertas a libertades negadas en México. Años después, fuera de México, se enteraría de que Yucatán se reincorporaba, en 1848, a la nación mexicana.
Durante nueve meses más, de enero a septiembre de 1843, Diego Thomson permaneció en la ciudad de México. Sus misivas a la SBBE dan cuenta de que su labor como distribuidor de materiales bíblicos a veces parecía tener el horizonte despejado, y en otras ocasiones los nubarrones le llevaban a informar que las oportunidades para cumplir con su labor eran escasas. No le faltaba entusiasmo ni decisión por cumplir con el trabajo para el que fue enviado, lo difícil era que las autoridades obstaculizaban sus trabajos.
A inicios del verano de 1843 Thomson redacta otra carta (23 de junio). En ella notifica que el edicto de la Catedral de México (17 de junio de 1828) librado contra las biblias distribuidas por él en su primera visita a México ha sido desempolvado y vuelto a poner en práctica. Por lo anterior la aduana le ha retenido los materiales que le había remitido la SBBE, el que considera Thomson es “un acto ilegal por parte del administrador de la aduana”. Alberga esperanzas de que en el futuro, “cuando haya aquí un sistema más liberal, las cosas serán de otro modo, y entonces la ley habrá de verse y aplicarse, no lo dudo, tal como yo la veo”. Sin embargo, el panorama para cuando escribe es ominoso porque “la regla, en este momento, es una marcada intolerancia”.
Pese a las prohibiciones del edicto de 1828, y la disposición de las autoridades civiles para coadyuvar en llevar al cabo los deseos clericales de que las biblias de Thomson no circularan, el colportor daba cuenta que “la Palabra de Dios es estimada y buscada aquí”, por muy distintas personas. Thomson siempre encontró resquicios para evadir los obstáculos prohibicionistas.
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