Una de las características de la Inquisición en Lima fue la riqueza patrimonial que obtuvieron los inquisidores. Pedro Ordóñez Flórez, que ejerció su cargo durante 16 años, entre 1569 y 1611, obtuvo una fortuna de unos 184.225 pesos.
A pesar de que la fuerza represiva de la Inquisición en América fue mucho menor, eso no impidió que muchas personas fueran ejecutadas y castigadas por los tribunales.
Uno de los primeros casos contra protestantes fue el de un extranjero residente en la Plata. Al parecer, el extranjero era de teología baptista.
Aunque la mayoría de los casos eran contra delitos muy diferentes, como el de Martín Romero, vecino de Gibraltar, pero en este proceso fue acusado de mahometano. Otro de los condenados fue Cristóbal Sánchez, vecino de Ayamonte, piloto de una nave, que se negó a ir a misa y pagar ofrendas a la Iglesia.
Uno de los condenados más importantes fue Juan Álvarez, médico,
natural de Zafra y su familia, por ser criptojudío.
Un licenciado llamado Jerónimo López Guarnido, abogado de la Audiencia y dos canónigos, Bartolomé Leonés y Pedro de Villarberche, fueron encausados por atacar la dignidad de la Iglesia y ocultar algunos pagos falsos.
Otros muchos procesos eran de personas que blasfemaban, se consideraban ateas, estaban casadas a pesar de ejercer algún cargo eclesiástico o defendían alguna idea heterodoxa.
Uno de los protestantes condenados fue Don Luis Enríquez de Guzmán. La acusación fue la siguiente:
“Don Luis Enríquez de Guzmán, natural de Sevilla, soldado, sobre que estando en la ciudad del Cuzco, hablando con ciertas personas, vino a decir este reo que bastaba uno confesarse con el corazón para que Dios le perdonase, y diciéndole una persona que aquello era muy mal dicho de herejes luteranos, porque se habían de confesar a los pies del sacerdote para que Dios les perdonase, y por qué sustentaba esto la dicha persona casi riñeron los dos, y que había dicho alabándose dello que cuando él quería mal a uno por causa de enemistad se salía a la plaza y le levantaba un testimonio delante de algunas personas para que lo derramasen y quedase infamada la dicha persona”.
Otro caso fue el del bachiller
Antonio Hérnandez de Villarroel acusado de no querer adorar a las imágenes. En la acusación se dice:
El bachiller Antonio Hernández de Villarroel, natural del Pedrozo, en Castilla, clérigo presbítero de misa, sobre razón que parece que por el mes de mayo de mil quinientos sesenta y nueve años, este reo fue denunciado y acusado ante el Cabildo de la iglesia del Cuzco sede vacante, por vía de inquisición ordinaria, que había dicho y afirmado que la cruz e imagen de Cristo no se había de adorar sino reverenciar, por lo cual el dicho reo fue sentenciado por el dicho Cabildo a que por su personal o otro por él, estando presente todo el pueblo junto, se alzase y quitase el escándalo que la dicha ciudad y vecinos y naturales, estantes, y habitantes en ella, habían recibido en las palabras que había dicho, declarándose cerca de lo susodicho clara y abiertamente la adoración que se ha de hacer a la cruz e imagen de Cristo y lo que la Santa madre Iglesia en esto tiene y la veneración que le ha de hacer a las otras imágenes de los santos y santas, respecto de lo que cada una imagen representa, declarando el error que de su parte hubo, y hecho esto, le mandaron absolver de cualquier excomunión, abjure, si forte (sic) incurrió, y que fuese exhortado y encargado que de ahí en adelante no trate ni dispute semejantes cuestiones teológicas, si no fuera con personas de letras y sciencia, y más le condenaron en las costas, la cual dicha declaración hizo por el reo fray Gerónimo de Villa-carrillo, en la Iglesia mayor del Cuzco.
No hubo muchos casos de protestantismo en los primeros años del Tribunal de Lima, aunque los años siguientes el número de condenados por las ideas luteranas aumentarían.
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